Запорожская Сечь, являясь общественно-политической и военной организацией украинского казачества, на протяжении длительного периода сохраняла относительную автономию в Российской империи, поскольку играла важную роль в ее войнах с Турцией и Крымом.
После проведения губернской реформы на Левобережной Украине в 1783-1785 гг. отпала необходимость в сохранении особых прав и системы управления Запорожских казаков, традиционный образ жизни которых часто приводил к конфликтам с властями. С одной стороны, запорожское казачество защищало южные границы России, но одновременно оно укрывало беглецов, прятавшихся на Сечи от преследования царских властей.
Правительство Екатерины II вынуждено было терпеть казацкую вольницу, пока нуждалось в ее помощи для борьбы с турками и татарами. Однако после победы в Русско-турецкой войне 1768-1774 годов, царское правительство перестало нуждаться в сохранении Сечи. Другой исторический враг казаков - католическая Речь Посполитая, находилась на грани разделов. Кроме того, во время Крестьянской войны 1773-1775 годов, когда против режима Екатерины II выступила повстанческая армия Емельяна Пугачева, на Запорожье произошли антиправительственные волнения.
В итоге, после победы властей над «пугачевщиной», указом Екатерины II от (3) 14 августа 1775 года, Запорожская Сечь была упразднена.
Земли запорожцев стали раздавать русским и украинским помещикам, а местное население закрепощалось или превращалось в государственных поселян. Многие казаки бежали в турецкую Добруджу, где основали Задунайскую Сечь и числились на султанской службе.
В 1787 году из бывших запорожцев, оставшихся в российском подданстве и живших близ турецкого пограничья на Южном Буге, было образовано Черноморское казачье войско. Но в 1792–1793 годах, после новых побед России над Турцией, его отряды были переселены на Северный Кавказ, где возникло кубанское казачество.
