Принятые положения стали закреплять следующие гарантии свободы совести: равенство людей независимо от отношения к религии; запрет использовать принуждение при определении человеком своего отношения к религии, к исповеданию или отказу от исповедания религии, к участию или неучастию в богослужениях и других религиозных обрядах и церемониях, в деятельности религиозных объединений, в обучении религии, отделение государства от религиозных объединений и равенство последних перед законом.
В том числе был определены нормы, касающиеся светского характера образования; законодательства, обеспечивающего свободу совести и государственный контроль за соблюдением этого законодательства, а также юридическая ответственность за воспрепятствование осуществления свободы совести, за оскорбление религиозных чувств граждан и другие нарушения правовых норм, затрагивающих свободу совести.
Закон вызвал ожесточенные споры не только в нашей стране, но и за рубежом. Многие, в том числе правозащитники и религиоведы, возражали против вступления его в силу, указывая на то, что он противоречит действующей Российской Конституции и международным документам о правах человека.
Его сторонники, которых тоже оказалось немало, напротив, утверждали, что ограничения свободы совести, вводимые новым законом, правомерны, поскольку направлены на охрану психического, физического и нравственного здоровья россиян и на сбережение культурной самобытности России.
По мнению большинства экспертов, законодатели подошли к созданию норм, гарантирующих свободу совести серьезно, с учетом опыта правоприменения и рекомендаций общественности, особенно - к положениям об отделении государства от религиозных объединений и равенстве последних перед законом.
Вместе с тем закон усугубил неравенство религиозных групп и религиозных организаций, предоставив последним значительно больше возможностей в сферах распространения вероучений, организации и совершения религиозных церемоний и обрядов.