4 января 1920 года Александр Колчак был лишен титула «верховный правитель российского государства» и звания верховного главнокомандующего. В Нижнеудинске адмирал подписал свой последний Указ, в котором объявил о намерении передать полномочия «Верховной Всероссийской Власти» Антону Деникину.
5 января 1920 в Иркутске произошел переворот, город был захвачен эсеро-меньшевистским Политическим центром. 15 января Колчак, выехавший из Нижнеудинска в чехословацком эшелоне, в вагоне под флагами Великобритании, Франции, США, Японии и Чехословакии, прибыл к пригородам Иркутска. Чехословацкое командование по требованию эсеровского Политцентра, с санкции французского генерала Жанена, передало Колчака его представителям. 21 января Политцентр передал власть в Иркутске большевистскому ревкому.
В ночь с 6 на 7 февраля 1920 адмирал А. В. Колчак и председатель Совета министров правительства при Верховном правителе В. Н. Пепеляев были расстреляны на берегу реки Ушаковка без суда, по постановлению Иркутского военно-революционного комитета большевиков.