В январе 1604 года русский царь Борис Годунов принял посольство, возглавляемое князем эуштинских татар Тояном. Государя попросили принять эуштинцев под власть Русского царства, а также создать на реке Томи острог для защиты их от агрессивных соседей – енисейских кыргызов и калмыков.
25 марта 1604 года Борис Годунов дал казачьему голове Гавриле Писемскому из Сургута и стрелецкому голове Василию Тыркову из Тобольска задание, связанное с основанием крепости на берегу реки Томи и приведением в русское подданство окрестных народов.
Томский острог был заложен на южном мысе Воскресенской горы, возвышающейся над правым берегом Томи, в 60 км от ее впадения в Обь. К 7 октября 1604 года строительство было закончено. В последствие Томск стал важным стратегическим военным центром, в течение всего XVII века гарантировавшим безопасность местного населения.
В начале XIX века город превратился в административный, культурный и экономический центр юга Западной Сибири. В этот период численность городского населения быстро росла.
Во второй половине XIX–начале XX вв. Томск считался одним из центров идеологии сибирского областничества.
В период Великой Отечественной войны в Томск было перенесено порядка 30 производств из европейской части России. 229 тыс. томичей бились на военных фронтах, из них 63,6 тыс. погибли, а 176 были удостоены почетного звания Героя Советского Союза. В этот период меняется и административный статус города – 13 августа 1944 года Томск становится областным центром.
Сегодня Томск является старейшим в Сибири крупным образовательным, научным и инновационным центром, с особой экономической зоной технико-внедренческого типа. В городе работают 9 вузов, 15 НИИ, 6 бизнес-инкубаторов. Город богат памятниками деревянной и каменной архитектуры XVIII-XX веков. По состоянию на 1 января 2012 население города составляло 539,2 тыс. человек.