13 мая 1783 года в Ахтиарскую бухту Черного моря вошли 11 кораблей Азовской флотилии под командованием адмирала Федота Клокачева. Это произошло через два месяца после присоединения Крыма к России. На берегах бухты вскоре началось строительство города и порта, ставшего главной базой российского флота. Именно сегодняшний день - 13 мая, ежегодно отмечается как День рождения Черноморского флота.
Позднее к первым судам присоединились еще 17 кораблей Днепровской флотилии. Таким образом, эти первые 28 кораблей и стали боевым ядром зарождающегося Черноморского флота.
21 февраля 1784 года по указу Екатерины II городу Ахтиару было присвоено название Севастополь. В переводе с греческого языка слово «севастополь» означает «величественный».
Первый штат Черноморского флота был утвержден в 1785 году. На 13 с половиной тысяч человек личного состава приходилось: 12 линейных кораблей, 20 фрегатов, 5 шхун, 23 транспортных суда. Управление флотом осуществляло Черноморское адмиралтейство, созданное в Херсоне.
Вскоре город и порт Севастополь стал главной базой российского флота на Черном море.
Черноморский флот принял боевое крещение в войне с Турцией, начавшейся в 1787 году и нанес турецкому флоту крупные поражения, несмотря на его существенное численное превосходство.
В 1798–1800 гг. флот принял участие в войне с Францией. Под командованием вице-адмирала Ф.Ф. Ушакова Черноморский флот за 2,5 года плавания не потерял ни одного корабля. А Россия обрела военно-морскую базу на Средиземном море, усилив свое господство в этом регионе.
Во время Крымской войны 1853–1856 гг. эскадра Черноморского флота одержала блестящую победу в Синопской бухте, разбив 15 вражеских кораблей из 16. А во время обороны Севастополя моряки-черноморцы 349 дней доблестно сражались на бастионах города.
К осени 1917 года Черноморский флот насчитывал уже 177 боевых кораблей, имел транспортную флотилию и превратился в серьезную боевую силу на юге России.
В начале 1918 года моряки Черноморского флота при поддержке жителей Крыма боролись за установление новой власти, а затем участвовали в борьбе с наступающими германскими войсками. В это время часть кораблей переводится в Новороссийск, а затем затапливается по приказу большевиков, чтобы не допустить их захвата немцами. Севастополь тогда покинули более 130 кораблей. Восстановить флот после «черной полосы» удалось лишь в 1920 году, после освобождения Севастополя.
В 1929–1937 гг. Черноморский флот активно вооружается – были построены более 500 боевых кораблей различных классов, сотни боевых самолетов, созданы военно-воздушные силы, береговая оборона и система противовоздушной обороны. Поэтому нападение фашистской Германии Черноморский флот встретил во всеоружии, и именно его высокая боевая готовность сорвала попытку врага вывести из строя основные силы флота в первые дни войны.
Безусловно, основная заслуга в победах Черноморского флота принадлежит его доблестным бойцам. Свыше 200 черноморцев были удостоены звания Героя Советского Союза, 54766 человек были награждены орденами и медалями.
В послевоенные годы на вооружение Черноморского флота были приняты новые корабли и боевая техника, позволившая кораблям выходить в дальние походы и отрабатывать задачи боевой подготовки по обеспечению защиты государственных интересов Советского Союза на море.
Распад СССР и последовавший за этим период политических и экономических проблем стали серьезными ударами по Черноморскому флоту. На его основе были созданы Черноморский флот РФ и ВМС Украины с раздельным базированием на территории Украины. Сейчас между странами действует базовый договор, заключенный в 1997 году, в котором четко оговорены условия аренды базы Черноморского флота на территории Украины, а также срок пребывания Черноморского флота РФ на территории Украины – до 28 мая 2017 года.