7 апреля 1709 года кошевой атаман Кость Гордиенко и гетман Мазепа подписали союзнический договор с королем Карлом XII. Таким образом, Запорожье присоединилось к гетманско-шведскому союзу, направленному против царя Петра I.
После этих событий Петр I отдал приказание князю Меншикову выдвинуть из Киева в Запорожскую Сечь три полка русских войск под командованием полковника Яковлева для того, чтобы «истребить все гнездо бунтовщиков до основания».
На своем пути русские полки занимали города, в которых стояли запорожские гарнизоны, в частности Келеберлу, Переволочну, Новый и Старый Кодак.
Подойдя к Сечи, полковник попытался сначала с помощью писем склонить запорожцев к сдаче оружия, но те тянули время, ожидая помощи от Крымской орды. Кошевой Петр Сорочинский в это время находился в Крыму, где проводил переговоры с татарами о предоставлении казакам военной помощи. Поэтому руководство обороной Чертомлицкой Сечи взял на себя Яким Богуш. Он приказал перекопать рвы вокруг Сечи, и очень скоро крепость со всех сторон была окружена водой.
После неудачной попытки договориться, Яковлев дал приказ обстреливать крепость из пушек. Однако эта атака не причинила запорожцам почти никакого вреда: ядра просто не долетали до цели. Тогда нападающие начали наступление на лодках, в результате чего потери понесли только московские войска, потому что запорожцы подпустили их на близкое расстояние, а затем обстреляли лодки из пушек и ружей. Потеряв 300 человек, нескольких офицеров и полковника Урна, руководившего наступлением, главнокомандующий московских войск оказался в сложной ситуации. Попавшие в плен были «срамно и тирански» умерщвлены.
25 (14) мая 1709 года с помощью казацкого полковника Игната Галагана, который знал систему оборонительных укреплений Сечи, крепость была взята, сожжена и полностью разрушена.
Полковник Игнат Галаган начал с казаками переговоры, пообещал им помилования, но одновременно с тем провел войско Яковлева под Сечь. Когда запорожцы уже сложили оружие, русские ворвались в Сечь и жестоко расправились с предателями.
Для того, чтобы ослабить впечатление, произведенное на украинский народ истреблением сечевых казаков, царь издал 26 мая грамоту, в которой говорил, что причиной уничтожения Сечи была измена самих запорожцев, потому что они сносились с врагами России, шведами. Тут же Петр приказывал хватать, бросать в тюрьму и казнить запорожцев, не бросивших свое оружие.
