Органы Военного контроля, созданные Реввоенсоветом республики, а также чрезвычайные комиссии по борьбе с контрреволюцией, образованные СНК РСФСР, действовали в России с 1918 года.
19 декабря 1918 г. постановлением Бюро ЦК РКП (б) фронтовые и армейские ЧК были объединены с органами Военного контроля, и на их основе образован новый орган – Особый отдел ВЧК при СНК РСФСР.
В дальнейшем, с образованием особых отделов фронтов, военных округов, флотов, армий, флотилий и особых отделов при губернских ЧК была создана единая централизованная система органов безопасности в войсках.
В 1934-38 гг. военная контрразведка, как Особый, затем – 5-й Отдел, входит в состав Главного управления государственной безопасности (ГУГБ) НКВД СССР. В марте 1938 г. с упразднением ГУГБ, на базе 5-го Отдела создается 2-е Управление (особых отделов) НКВД СССР. Уже в сентябре 1938 г. Особый отдел воссоздается, как 4-й Отдел ГУГБ.
Контрразведка занималась выявлением лиц, чья деятельность квалифицировалась советским законодательством как государственное преступление – измена, шпионаж, диверсия или терроризм. В ее функции входило также выявление контрреволюционных организаций и групп лиц, ведущих антисоветскую агитацию, и ведение следствия по государственным преступлениям под надзором прокуратуры с передачей дел в военные трибуналы.
С начала войны по октябрь 1941 года особыми отделами и заградотрядами войск НКВД было задержано 657 364 военнослужащих, отставших от своих частей и бежавших с фронта. В этой массе было выявлено и привлечено к ответственности 1 505 лиц по обвинению в шпионаже и 308 человек по обвинению в диверсиях.
19 апреля 1943 г. постановлением Совнаркома СССР было образовано Главное управление контрразведки НКО «Смерш» («Смерть шпионам»). Оно продолжило борьбу со шпионской, диверсионной, террористической деятельностью иностранных разведок. Благодаря налаженной зафронтовой работе армейские чекисты нередко располагали подробными сведениями об агентах противника еще в период их подготовки в разведшколах. Органами «Смерш» были выявлены 1 103 вражеских агента.
Всего же за годы ВОВ военными контрразведчиками было обезврежено более 30 тысяч шпионов, около 3,5 тысячи диверсантов и более 6 тысяч террористов.
В настоящее время военная контрразведка входит в единую централизованную систему органов Федеральной службы безопасности и находится в прямом подчинении ФСБ России.
День основания Особого отдела – 19 декабря – традиционно отмечается как профессиональный праздник сотрудников органов военной контрразведки Федеральной службы безопасности.
